Kάθε άνθος περιλαμβάνει ποδίσκο με μήκος περίπου ενός εκατοστού (1 cm), κάλυκα με πέντε σέπαλα, στεφάνη με πέντε πέταλα μήκους περίπου τριών εκατοστών (3-3.3 cm), στήμονες με ανθήρες όπου σχηματίζεται η γύρη (γόνιμη γύρη) και ύπερο που αποτελείται από το στίγμα που διαθέτει κολλώδη επικάλυψη, το στύλο και ωοθήκη με πολυάριθμα καρπόφυλλα.
Οι στήμονες εμφανίζονται σε πέντε δέσμες, με τη μορφή ψευδοπετάλων. Η κάθε δέσμη περιλαμβάνει από πέντε στήμονες οι οποίοι διαχωρίζονται στην κορυφή και φέρουν από ένα ζεύγος ανθήρες. Μερικές φορές εμφανίζονται και ένα ή δύο μονοί στήμονες (που δεν ανήκουν σε δέσμη).
Τόσο οι στήμονες όσο και ο ύπερος έχουν μήκος δύο εκατοστών και 7 χιλιοστών έως τριών εκατοστών (2.7-3 cm)
Σπανίως εμφανίζονται άνθη με έλλειψη ενός πετάλου (αντί για πέντε πέταλα διαθέτουν τέσσερα)
Το Κερκυραϊκό Περγαμόντο είναι δίφορο με μια άνθηση το Φθινόπωρο (τέλος ξηρασίας) και μία την Ανοιξη (τέλος ψυχρής περιόδου).
Η παρουσία καρπών στα δέντρα, δεν παρεμποδίζει την έναρξη της άνθησης η οποία πραγματοποιείται δύο φορές. Την Άνοιξη (τέλος ψυχρής περιόδου) και το Φθινόπωρο (τέλος περιόδου ξηρασίας).
Το πλήθος των ανθέων ανά βλαστό ποικίλει. Σε υγιεί δέντρα έχουν καταμετρηθεί έξι (6) συστάδες των οκτώ (8) και εννέα (9) ανθέων δηλαδή συνολικά πενήντα τέσσερα (54) άνθη.
Τα άνθη έχουν το ίδο άρωμα με το φρούτο.
